Сразу за главными воротами монастыря находится достаточно редкий, сохранившийся до наших дней памятник псковского зодчества XVI века. Это целый комплекс, состоящих из Никольской башни, церкви Николы Ратного, двухпролётной звонницы и некогда главных ворот монастыря. Построить церковь над Святыми воротами предложил игумен Корнилий, он же положил начало алтарю, а идею воплотил в жизнь 1564-65 годах архитектор Пётр Заболотный. Над её возведение трудились и изборяне, и псковичи, и стрельцы из приходивших полков. Строили храм из традиционной в этих местах известняковой плиты.
Под каменное крыльцо церкви было сложено оружие для обороны храма. А внутри поставили деревянное изображение Николая Чудотворца во весь рост, с митрой на голове и мечом в руке. И не случайно эту церковь стали называть "во имя Николы Ратного": изначально церковь Святителя Николая Чудотворца была признана стать защитой для православной обители. Перед ней преклоняли колени первые стрельцы, присланные для защиты крепости.
Ворота под Никольской церковью долгое время служили главным въездом в монастырь. С них начиналась печорская обитель. По легенде именно здесь, у распахнутых ворот, Иван Грозный казнил игумена Корнилия. С тех пор мощеную камнем дорогу, начинающуюся за Никольскими воротами, называют "кровавым путём".
В храме хранятся расписной иконостас, резная икона Николы Можайского, икона конца XVII века с изображением монастыря. Не так давно специалисты Псковского музея - заповедника установили точную дату росписи иконостаса Никольского храма. Иконостас расписали три иконописца в 1686 - 1688 годах.
В 1986 году в Никольской башне был освящен придел преподобномученника Корнилия, в котором один раз в неделю совершается ранняя утренняя служба.